一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
第1部分第2部分
序原叙原例（次序略经更定）通行经络（补）人参高丽参黄精大枣面鹿肉羊肉鳝鱼淡菜人乳人气紫河车（和）甘草香附连翘合欢皮芜荑海桐皮乳香没药竹沥荆沥广皮枳子菠菜荠菜白豆酒灵砂百沸汤鹈鹕油蜂蜜（攻）大戟甘遂商陆
孙真人《千金方》论王唯一《明堂铜人灸经》量同身寸法第一正坐伸臂法第二揣骨定穴高下法第三定穴相去远近法第四钩股按穴取平法第五参验求穴法第六坐点坐灸法第七石用之取穴别法第八叶潘等取穴别法第九灸讫补养法第十
顾序慎柔师小传师训题辞卷一师训第一历例题辞卷二医劳历例第二虚损门题辞卷三虚损第三脉法损脉致病次序损脉损症治损法五脏逆传致病诀虚损死证寒热论五脏致伤虚损致病之由亢则害承乃制论虚损误药之辨虚损秘诀损病汤药
叙自序凡例卷之一折量分寸法头面部第一前发际旁行凡七穴头中行．直鼻中．入发际一寸．却行至风府．凡八穴．头第二行直眉头．挟中行各一寸半．却行至玉枕．凡十穴．头第三行直瞳子上．入发际五分．却行至脑空．凡十穴
序一序二卷一草部上人参黄术甘草山药薏苡仁何首乌百合菟丝子淫羊藿巴戟天肉苁蓉地黄天门冬麦门冬葳蕤牛膝续断五味子沙参芍药当归紫菀知母秦艽石斛延胡索细辛小茴香远志菖蒲肉豆蔻附子补骨脂益智子木香半夏卷二草部下
序叙自叙御定医宗金鉴麻疹卷一疹原轻重麻疹主治大法麻疹未出证治麻疹见形证治麻疹收没证治卷二身热不退烦渴谵妄喘急咳嗽喉痛失音牙疳呕吐泻泄痢疾腹痛衄血瘙疹盖痘疹瘾疹卷三 （附采诸家麻后证治）麻后龟胸麻后肺痿
明目论看眼诀图眼病歌诀冷眼歌诀热眼歌诀药性光明赋五经虚泻五经火眼目虚实冷热论点药药性炮炼法男女禁忌看眼法演药法点药法制药法煎膏法研药法合药法用药法服药法禁忌主药方辅药方加减方按五轮治疗捷法四季加减煎药
《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附